A Comissão Executiva do Conselho de Orientação do FAEPEX é responsável pela deliberação sobre a aprovação dos projetos submetidos ao Fundo e será assessorada por docentes e pesquisadores de outras instituições ou da própria Universidade na análise do mérito dos projetos a ela submetidos, cabendo ainda à Comissão o estabelecimento da duração dos financiamentos, de acordo com a natureza e características de cada projeto ou atividade financiada.
As reuniões da Comissão Executiva, que acontecem mensalmente durante todo o ano, são suspensas entre 15 de dezembro a 31 de janeiro, não ocorrendo, neste periodo, a tramitação de pedidos e processos de decisão. Portanto, quando for do interesse do solicitante que a tramitação e avaliação final do pedido seja feita antes do final do exercício vigente, a solicitação deve ser apresentado ao FAEPEX até o final do mês de outubro.