La Comisión Ejecutiva del Consejo Consultivo de FAEPEX es la encargada de deliberar sobre la aprobación de los proyectos que se presenten al Fondo y será asesorada por profesores e investigadores de otras instituciones o de la propia Universidad en el análisis del mérito de los proyectos que se le presenten, con la Comité responsable también del establecimiento de la duración de la financiación, según la naturaleza y características de cada proyecto o actividad financiada.
Las reuniones del Comité Ejecutivo, que se realizan mensualmente durante todo el año, se suspenden entre el 15 de diciembre y el 31 de enero, período durante el cual no se tramitan solicitudes y procesos de decisión. Por lo tanto, cuando sea de interés del solicitante que la tramitación y evaluación final de la solicitud se realice antes de finalizar el año en curso, deberá presentar la solicitud a la FAEPEX a fines de octubre.